Καθώς φτάνετε με το πλοίο στο Άνω Κουφονήσι, που είναι και το μόνο κατοικημένο, θα εντυπωσιαστείτε αμέσως από τα γαλαζοπράσινα νερά της παραλίας Άμμος στο λιμάνι. Στην είσοδο του λιμανιού θα δείτε να δεσπόζει και ο ένας από τους δύο χαρακτηριστικούς ανεμόμυλους που διασώζονται στο νησί. Εκεί απλώνεται και η όμορφη Χώρα, με τα άσπρα σπίτια της, τις αυλές με τα λουλούδια, τα πλακόστρωτα σοκάκια της και τα κάθε λογής μέρη για να απολαύσετε τους μεζέδες, τον καφέ ή το ποτό σας.
Στο κέντρο της Χώρας ξεχωρίζει η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου, προστάτη του νησιού. Δίπλα της, στην παλιά δεξαμενή νερού, μπορείτε να επισκεφθείτε το Λαογραφικό μουσείο με αντικείμενα και εργαλεία που μας θυμίζουν τη ζωή του νησιού παλιότερα, όλα προσφορές των κατοίκων.
Στην περιοχή Λουτρό θα βρείτε το μόνο εν λειτουργία καρνάγιοτου νησιού και των Μικρών Κυκλάδων γενικότερα. Εκεί επίσης θα δείτε και τον δεύτερο Μύλο από το 1830, που έχει χαρακτηριστεί ως Νεότερο Μνημείο της Προβιομηχανικής Περιόδου.
Οι βασικές αποστάσεις μπορούν να γίνουν με τα πόδια ή και με ποδήλατο που μπορείτε να νοικιάσετε και να γυρίσετε το νησί παραλιακά. Αφεθείτε στη σπάνια αίσθηση του να μπορείτε να περπατήσετε παντού, κάνοντας στάσεις για το μπάνιο σας στα τροπικά νερά του νησιού. Μπορείτε επίσης να κάνετε πεζοπορία προς την ενδοχώρα, παίρνοντας τα μονοπάτια μέχρι την Πάνω Μεριά. Το απόγευμα, περπατήστε μέχρι την εκκλησία του Προφήτη Ηλία, για να απολαύσετε τη θέα και το υπέροχο ηλιοβασίλεμα.
Από το Άνω Κουφονήσι μπορείτε να περάσετε με εκδρομικό καϊκι στην Κέρο, που από τα Κουφονήσια θα βλέπετε να διαγράφεται η μορφή της σαν γυναίκα ξαπλωμένη. Η ακατοίκητη Κέρος αποτελεί προστατευόμενο αρχαιολογικό χώρο, καθώς εκεί,όπως και στο διπλανό νησάκι, το Δασκαλειό, έχουν ανακαλυφθεί σημαντικά αρχαιολογικά ευρήματα του κυκλαδικού πολιτισμού. Δεν είναι τυχαία άλλωστε η ονομασία «Θησαυρός της Κέρου». Αντικείμενα που βρέθηκαν, όπως το πρωτοκυκλαδικό νεκροταφείο, τα ειδώλια του αρπιστή, του αυλητή, αλλά και της Μεγάλης Μητέρας, φυλάσσονται σήμερα στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης, στο Αρχαιολογικό Μουσείο Αθηνών, αλλά και στο Αρχαιολογικό Μουσείο Νάξου.
Μπορείτε επίσης να επισκεφθείτε το Γλαρονήσι, μια ακατοίκητη νησίδα κοντά στο Κάτω Κουφονήσι γεμάτη γλάρους, που στέκονται για λίγο ή αφήνουν εκεί τα αυγά τους. Τόσο στην Κέρο όσο και στο Γλαρονήσι θα απολαύσετε το μπάνιο σας στα ήσυχα, υπέροχα νερά τους.
Εξερευνήστε το Κάτω Κουφονήσι και τις υπέροχες παραλίες του. Στο ακατοίκητο νησάκι υπάρχει η εκκλησία της Παναγίας, χτισμένη πάνω σε αρχαία ερείπια, αλλά και μια ταβέρνα το καλοκαίρι για να ξαποστάσετε.